Cheval Magazine n°430 rubrique Vétérinaire – septembre 2007
En février dernier s’est achevé le séquençage du génome du cheval. Les chercheurs disposent désormais d’une quantité d’information brute très importante. À quoi cela va-t-il leur servir ? Que peut-on en attendre concrètement ? Autant de questions que nous sommes en droit de nous poser.
Un travail de titan… Aujourd’hui encore, séquencer le génome d’une espèce est un travail considérable, même s’il existe des automates et des ordinateurs pour simplifier la tâche des scientifiques. Tout a commencé en 1977, le premier organisme dont on séquence le génome est un simple virus. Puis, grâce à l’amélioration des techniques, on a pu étudier celui de petits animaux très utiles pour la recherche scientifique : vers, souris et autres mouches du vinaigre. Vinrent ensuite de plus gros organismes : l’homme en 2001, le bœuf et le chimpanzé en 2005. Et cette année, c’est le génome du cheval qui vient s’ajouter à une longue liste de près de 200 espèces. « Il faut comprendre que les chercheurs qui ont décidé de se lancer dans cette aventure il y a déjà 12 ans l’ont fait pour pouvoir résoudre des problèmes concrets. Si nous sommes devenus des “géographes de l’ADN”, c’est par nécessité. Maintenant nous allons pouvoir revenir à notre but original et nous concentrer sur la santé des chevaux », rappelle Ernest Bailey, de l’Université du Kentucky, coordinateur du projet.
En pratique
Tout commence avec une simple prise de sang, sur la jument Twilight (voir encadré). Dans cet échantillon on isole une cellule, en l’occurrence un globule blanc, et on prélève l’ADN de son noyau. « Cet ADN est d’abord coupé en une multitude de fragments de longueurs différentes grâce à des enzymes, puis chaque fragment est copié en plusieurs exemplaires, c’est l’amplification. Ensuite, grâce à des automates, on détermine la séquence de ces fragments, c’est-à-dire l’ordre d’enchaînement des quatre bases A, T, G et C », explique Gérard Guérin, du laboratoire de génétique animale de l’Institut pour la Recherche Agronomique (INRA). Puis, grâce à de puissants ordinateurs, on compare les séquences de chaque fragment pour retrouver les zones de recouvrement entre elles et on les met ainsi bout à bout pour obtenir la séquence du génome entier dans le bon ordre. Cette première étape, appelée séquençage et assemblage a pris moins d’un an. Elle s’est achevée en février dernier et a coûté environ 30 millions de dollars à elle seule ! Elle a été réalisée par les équipes de l’Institut Broad de Boston aux Etats-Unis. « Les chercheurs de cet institut ont réalisé un séquençage d’une qualité exceptionnelle, ce qui a rendu le travail d’assemblage puis celui d’annotation qui va suivre beaucoup plus facile que cela ne l’a été pour d’autres espèces », précise Ernest Bailey.
En mars dernier, la deuxième partie du travail a débuté. Il s’agit désormais de tirer des informations de ce travail de séquençage : on appelle ça l’annotation. Des dizaines de scientifiques à travers le monde vont comparer la séquence du génome de Twilight à ce que l’on connaissait déjà du génome équin. En effet, plusieurs gènes précis ont déjà été étudiés, par exemple ceux qui contrôlent la robe ou d’autres qui sont responsables de certaines maladies héréditaires comme l’hémophilie A. Il s’agit de dresser une cartographie du génome afin de savoir où chercher les informations. Un travail auquel va participer l’équipe de Gérard Guérin. « Nous espérons pouvoir terminer cette deuxième étape d’ici la fin de l’année et publier les résultats au début 2008 », précise Ernest Bailey…/…
