Le microbiote intestinal, un nouveau continent à explorer. Interview FRM#139

Interview paru dans Recherche & Santé n°139
La revue de la Fondation pour la Recherche Médicale – juillet 2014

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 Le microbiote intestinal, un nouveau continent à explorer

Le Pr Philippe Sansonetti est médecin et chercheur en microbiologie. Il dirige l’unité Inserm U 786 « « Colonisation et invasion microbienne des muqueuses » et l’unité de « Pathogénie microbienne moléculaire » à l’Institut Pasteur. Il est aussi professeur au Collège de France, titulaire de la chaire de microbiologie et maladies infectieuses.

Comment décrire la composition de notre flore digestive ?
Philippe Sansonetti : Plutôt que flore, on parle de microbiote pour qualifier les bactéries associées à divers organes comme le système digestif ou la peau. Notre microbiote intestinal, essentiellement dans le colon, est le plus dense et le plus diversifié : des milliers de milliards de bactéries représentant un millier d’espèces différentes. La répartition des espèces bactériennes varie d’un individu à l’autre. Mais des études métagénomiques* ont révélé qu’il existe un cœur de gènes communs, constant chez tout individu. Cela traduit la nécessité d’une « plate-forme génétique essentielle » assurant la symbiose* entre ce microbiote et notre intestin.

Comment se met en place ce microbiote ?
P. S. : C’est l’environnement microbien que l’enfant rencontre à sa naissance qui conditionne au départ son propre microbiote : la flore vaginale de sa mère s’il nait par voie naturelle, ou cutanée lors d’une césarienne. Puis d’autres facteurs interviennent, notamment le type d’alimentation (sein ou biberon). Des études ont montré par ailleurs qu’un traitement antibiotique « lourd » chez un nourrisson peut affecter la diversité de son microbiote à un âge plus avancé et être corrélé à la survenue de certaines pathologies.

Que sait-on de son rôle dans la physiologie normale ?
P. S. : Le microbiote intestinal est essentiel dans deux domaines : la digestion de certains aliments complexes et le fonctionnement de notre système immunitaire. Cette symbiose* nous est donc vitale. Des recherches laissent à penser qu’il intervient aussi dans le métabolisme osseux, la régénération de la paroi intestinale, le développement tardif du système nerveux central…

De plus en plus d’études relient microbiote intestinal et pathologies, pouvez vous nous en dire plus ?
P. S. : Lorsque la symbiose entre l’organisme et le microbiote intestinal « dérape », des pathologies surviennent. Des études confirment souvent une relation de cause à effet : ces expériences consistent à implanter des microbiotes particuliers chez des souris vierges de tous germes. On a ainsi découvert qu’une réduction de la diversité du microbiote intestinal et la prédominance d’espèces bactériennes capables d’extraire plus de calories de la ration alimentaire peuvent conduire au diabète et à l’obésité. Par des mécanismes encore mal élucidés, une restriction de la diversité du microbiote est aussi régulièrement associée aux maladies inflammatoires de l’intestin comme la maladie de Crohn. Poussé à l’excès, un déséquilibre du microbiote a aussi été reliée, dans des modèles murins, à la cancérisation du colon. Par ailleurs, on commence à évoquer le rôle du microbiote en neurologie, particulièrement dans la survenue de troubles du comportement.

Comment expliquer cette réduction de la diversité de notre microbiote intestinal ?
P. S. : L’hypothèse hygiéniste est actuellement très en vogue. Elle suggère que la réduction de diversité du microbiote est due à nos conditions de vie moderne : hygiène importante, en particulier alimentaire, usage exponentiel des antibiotiques… Notre système immunitaire n’étant plus confronté après la naissance à de nombreux microbes, dont certains potentiellement pathogènes, sa maturation n’est pas optimale. Cela expliquerait l’incidence croissante de maladies allergiques, voire plus graves comme les maladies inflammatoires de l’intestin ou le cancer du colon.

Modifier le microbiote intestinal est-il une piste de recherche exploré pour soigner ces maladies ?
P. S. : Bien sûr. Nous vivons une période très excitante. Si le rôle du microbiote se confirme comme un paramètre essentiel de notre santé, il est difficile de ne pas en espérer un impact sur le diagnostic, la prévention voire le traitement d’un certain nombre de maladies. Par exemple, la greffe fécale a récemment montré sa formidable efficacité pour prévenir les récidives de colites liées à la bactérie Clostridium difficile, une inflammation du colon qui se traduit par des diarrhées très violentes. Ce traitement expérimental consiste à utiliser le microbiote intestinal présent dans les fèces d’un individu sain en le transplantant chez un malade pour rétablir l’équilibre de son propre microbiote. Cette approche est actuellement testée pour les maladies inflammatoires de l’intestin mais avec des résultats moins spectaculaires. La recherche s’oriente d’ailleurs vers l’assemblage de flores au laboratoire plutôt que le prélèvement chez des individus sains. Par ailleurs, les prébiotiques (molécules rééquilibrant le microbiote), probiotiques (bactéries elles-mêmes supposées avoir des vertus positives pour la santé, comme les lactobacilles), et postbiotiques (molécules mimant ces effets positifs) sont dans l’air du temps. Mais pour l’instant les résultats sont modérément encourageants sauf quelques situations très particulières dans le domaine des maladies inflammatoires de l’intestin. Il est évident que nous devons mener plus de recherche fondamentale et clinique dans ce domaine.

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